Raja Mohamed Affandi telah dilahirkan dari keturunan keluarga diraja (oleh itu beliau diberi gelaran Yang Mulia (His Highness) dan bukannya Yang Berbahagia (The Honorable)) pada 20 Jun 1958, di Kampung Raja, Besut, Terengganu.[2]

Beliau menerima pendidikan rendah di Sekolah Kg Raja, Besut, dan di Sekolah Menengah Sultan Ismail. Beliau kemudian mengikuti latihan sebagai Bakal Pegawai Kadet di Pre-Officer Cadet Training Unit (Pre-OCTU) Sekolah Pegawai Kadet di Kem Sebatang Karah, Port Dickson sebelum meneruskan latihannya sebagai Pegawai Kadet di Maktab Tentera Diraja, Sungai Besi. Beliau telah ditauliahkan sebagai Leftenan Muda (Second Lieutenant) pada 11 Mei 1976 di dalam Rejimen Askar Melayu DiRaja.[1]

Beliau meneruskan pengajiannya semasa masih dalam perkhidmatan. Beliau memperolehi Master in Defence Studies dari Universiti New South Wales (Australia) dan Master of Science in Defence dan Strategic Studies dari Universiti Quaid-i-Azam (Pakistan).[1]